Psautier du Ve siècle (Ms 425), Evangéliaire du IXe siècle (Ms 431), Psychomachia de Prudence du XIe siècle (Ms PA 22), Missel de la Sainte-Chapelle (Ms 5122), Grandes chroniques de France (Ms 880 et Ms PA 30), Roman de la Rose (Ms 763 et Ms PA 23, 24 et 25) et portulans vénitiens (Ms 175 et Ms 179) du XIVe siècle, livres d’heures de Marie de France (Ms 1558) ou à l’usage de Chalon (Ms 6881) sont quelques unes des œuvres majeures représentées.
Certaines proviennent de la bibliothèque épiscopale lyonnaise constituée au IXe siècle et confisquée à la Révolution, d’autres sont entrées dans les collections du Collège de la Trinité tenu par les jésuites à Lyon de 1565 à 1762, beaucoup sont arrivées grâce à la générosité de donateurs (Adamoli, Lambert, Brölemann…) au fil des siècles.
Si les textes, et l'iconographie qui les accompagne, sont à dominante religieuse (bibles, missels, bréviaires, pontificaux, livres d'heures, droit canon), les ouvrages profanes sont nombreux et couvrent un large champ de la connaissance (philosophie, histoire, littérature, sciences...).
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